In de darm van bijen komen zeer veel verschillende micro-organismen voor. De microbiële samenstelling verandert gedurende het seizoen. Deze veranderingen zijn redelijk goed in kaart gebracht. De verschillen in microbiële samenstelling van bijenvolken wereldwijd zijn niet zo groot.

Dat divers stuifmeel een positieve invloed op de gezondheid van bijenvolken kan hebben is terug te voeren op een verscheidenheid aan voedingsstoffen in dat stuifmeel. Verscheidenheid in voedselsamenstelling geeft ook een verscheidenheid aan micro-organismen in de darm van de bijen. Eenzijdige voeding leidt tot een afname in de microbiële diversiteit.

Onbekend is hoe de stuifmeeldiversiteit precies uitwerkt op het bijensysteem en de daarbij horende micro-organismen. In een beperkt aantal gevallen is beschreven welke soorten stuifmeel voor welke soorten veranderingen in het gedrag van de bijen verantwoordelijk zijn. Uit de imkerpraktijk en de literatuur is een reeks van planten/stuifmeelsoorten bekend, die bepaalde uitgesproken effecten op bijen en bijenvolken hebben. Zo leidt het vliegen op heide tot afname van de grootte van bijenvolken. Pollen van heide bevat bijvoorbeeld significant  meer van bepaalde mineralen dan andere soorten pollen. Voorts zijn er duidelijke aanwijzingen dat het niet voorkomen van de varroamijt in Australië te maken heeft met het hoge ijzergehalte van het stuifmeel van de algemeen in Australië voorkomende Eucalyptus punctata. Zie hier de tabel met gehaltes aan mineralen. Voor aminozuren, eiwitten en vitamines zijn ook dergelijke ondubbelzinnige effecten gerapporteerd. Hierbij moet aangetekend worden dat het bij toedienen van stuifmeel altijd om een combinatie van voedingsstoffen gaat. De kans is in die gevallen groot dat het effect door een andere component ontstaat dan men veronderstelt.